Noto anche come Complesso delle sette chiese, è il più antico luogo di culto cittadino, con le origini che si perdono nel tardo impero romano, in epoca paleocristiana. Secondo leggenda, alla sua fondazione partecipò addirittura San Petronio, che volle a Bologna un imitazione del Santo Sepolcro di Gerusalemme.
Agli inizi dell’XI secolo i monaci benedettini prima e celestini poi, si occuparono di rimaneggiare e ingrandire il complesso, distrutto dagli ungari nel X secolo. Sul finire del XIX il complesso subì un restauro radicale, che modificò in malo modo l’assetto originario: questi lavori portarono il complesso bolognese ad imitare l’attuale Santo Sepolcro, ricostruito nell’XI secolo, anziché a quello originale del IV secolo.
L’ingresso avviene dalla Chiesa del Crocifisso, di origine longobarda, da cui, tramite una porta laterale, si entra nella basilica del Santo Sepolcro, il punto più antico della costruzione, dove, fino al 2000, erano conservate le spoglie di San Petronio. Da qui si può accedere all’attigua basilica dei Santi Vitale e Agricola, probabilmente già presente nel V secolo, oppure al Cortile di Pilato, piccolo spazio aperto dove è conservata la bacinella altomedievale che leggendo volle utilizzata da Pilato per lavarsi le mani. Dal cortile si accede poi alla Chiesa della Trinità, costruita sempre attorno al V secolo, e al chiostro romanico dei Dei Benedettini, col bel pozzo recintato e un doppio ordine di logge.
Da non perdere è il Museo di Santo Stefano, che raccoglie le tantissime opere d’arte accumulatosi nel complesso nel corso dei secoli. Vi sono opere dei principali maestri bolognesi del Tre e Quattrocento, tra cui Vitale da Bologna e Lippo Dalmasio, oltre ad un raro affresco duecentesco con la Strage degli Innocenti, opera di un maestro lucchese; da segnalare inoltre il reliquiario col capo di San Petronio, opera di oreficeria di Jacopo del Roseto, datata 1380.