Il Palazzo di Re Enzo è attiguo al Palazzo del Podestà, con cui forma un unico blocco monumentale; a separarli vi sono solo due corridoi coperti, al cui incrocio si trovano le statue in terracotta dei quattro Santi protettori di Bologna.
Il Palazzo risale alla metà del XIII secolo, quando si rese necessaria la sua costruzione per alloggiare i pesanti macchinari da guerra del Comune. Nel 1247 il Palazzo divenne famoso per essere la prigione in cui fu rinchiuso Re Enzo, figlio di Federico II,  e da cui la struttura prende il nome.
Il cortile interno, nonostante risulti ben equilibrato e piacevole alla vista, non è originario, ma è il risultato di un discutibile restauro in stile avvenuto agli inizi del secolo scorso, dal 1905 al 1913.
Al Palazzo di Re Enzo si accede da Piazza del Nettuno.