Insieme alla consacrazione della chiesa, nel 1251 fu svelato anche il gigantesco Crocifisso dipinto da Giunta Pisano, posizionato con ogni probabilità sopra il tramezzo (il muro che divideva la zona dell’altare, riservata al presbiterio, con quella dei fedeli laici, spesso posto all’altezza del transetto), come tipico nelle chiese medievali.
Lo stile del Crocifisso giuntesco dimostra quanto, nel XIII secolo, l’arte italiano fosse influenzata da quella di origine bizantina, dovuta soprattutto al gran numero di artisti bizantini presenti nella penisola dopo la fuga dovuta al Sacco di Costantinopoli avvenuto nel 1204. La forte stilizzazioni delle forme, l’abbondante sottolineatura dei contorni e la posa innaturale e simbolica ne sono significativo esempio, tuttavia Giunta Pisano vi inserisce elementi di novità tali da suscitare meraviglia nei contemporanei, se fungeranno modelli per i pittori successivi, a cominciare da Cimabue, fino al Rinascimento.
Giunta, infatti, dipinge Cristo come sconfortato e rassegnato al suo destino, con una posa greve e arcuata tale da suggerire il dolore provato nella sua esecuzione, con le piaghe ben rimarcate con una macabra rappresentazione del sangue scorrente dai fori nelle mani, ricercando così uno scambio empatico col pubblico, indotto a sentire quella stessa sofferenza su di sé. La figura del Cristo, inoltre, si staglia su uno sfondo di finti marmi, novità decorativa destinata a grande successo nei decenni successivi.
Contrariamente a quanto si possa immaginare, la figura del Cristo dolente sulla croce era una novità ai tempi di Giunta, imposta con ogni probabilità dai francescani dopo la morte di San Francesco, avvenuta nemmeno trenta anni prima; fin allora si era sempre preferito la figura del Cristus Triumphans, ovvero del Cristo vincente sulla morte, rappresentato vivo e incoronato sulla Croce.
La Crocifissione di Giunta si può quindi considerare come il modello compiuto dell’iconografia del Cristo dolente, immaginante preminente fino ai nostri giorni, e fonte d’ispirazione per le successive rappresentazioni.